Марқакөл мемлекеттік қорығы ЮНЕСКО-ның Бүкіләлемдік биосфералық резерваттар желісіне кірген, елдің шығысындағы үшінші ерекше қорғалатын табиғи аумақ болды. Марқакөл Қытаймен шекараға жақын орналасқан және Қазақстандық Алтайдың оңтүстік бөлігіндегі ең аз бұзылған экожүйелерді қамтиды. Мұнда Еуразияның қоңыржай дала экорегионының бірегей және тән орта таулы-тайга және биік таулы альпілік ландшафттары орналасқан. Әр түрлі эндемикалық түрлер, соның ішінде сирек