В отношении Атамбаева возбуждено несколько уголовных дел, в том числе по беспорядкам в селе Кой-Таш 7-8 августа 2019-го, коррупции и легализации преступных доходов. Ему также предъявили обвинение в незаконной выдаче паспортов гражданам Турции и организации массовых беспорядков в октябре 2020 года, но подсудимый был оправдан.