12 февраля 2013 года в Кыргызстане Бакиева признали виновным в злоупотреблении служебными полномочиями и заочно приговорили к 24 годам колонии усиленного режима. 5 апреля 2014 года Курманбек Бакиев был заочно приговорен к 25 годам лишения свободы за организацию покушения на жизнь британского бизнесмена Шона Дэйли. В июле 2021 года Бакиеву предъявлено обвинение в коррупции при разработке золоторудного месторождения Кумтор.